西的漕船，实现了对清廷赖以为生的漕运的安全的实际威胁。
然而，他们久侯的西南明军依旧是没有等来。孙可望的篡位野心，刘文秀的拖延提防，内部的纷争导致了楸枰三局在永历八年的失败。于这些，张名振和张煌言是一无所知的，他们在被清军重新赶出了长江之后，并没有直接返回福建，而是继续驻扎于崇明，硬是要将这根鱼刺做到底了。
由于张名振、张煌言三入长江，尤其是最后一次与南京已在咫尺之间，哪怕是闽粤的天翻地覆也没有妨碍到清廷因此而感受到的震动。
永历九年四月，在定远大将军和硕郑亲王济度率领大军抵达衢州未久，清廷便任命了汉军旗固山额真石廷柱为镇海将军，统领八旗军进驻京口以加强长江的江防。
与此同时，操江巡抚李日芃也重点加强镇江附近的长江防务，以保障南京和南北漕运畅通：在镇江城外长江中的檀家洲近水处植木桩，水深处编木筏，环以铁索。在檀家洲相对的长江南北两岸和金山安置大炮。以阻截明军西上，在江南岸自镇江至圌山、北岸自瓜州至三江口更筑新堤，造木桥，以便军囦队往来巡逻。更命圌山、瓜州等四营守备，率哨船水师更番巡逻防御，以防不测。
诸多布置，无非就是为了防止二张再度杀入长江，威胁到南京和运河的安全。而这两处，也正是张名振和张煌言三入长江以来一度取得的两方面最大的战果。
但是，对此驻扎崇明的明军并没有因此而消停下来。七月初三，长江口的吴淞海面风大浪高，张名振率舰船七百余号，乘夜色于贰更时分突袭吴淞。
时，吴淞停有清廷日用千人、费时五年刚刚造成的二百余支战船，船上“器械粮饷毕具”。清廷原本计划于七月初五出征，借此驱逐崇明的明军，结果还没来得及动手，就先行被明军悉数缴获，未完工者则付之一炬。
随后，明军再度入黄浦江，在杨家嘴地方登陆，一直攻到上海县的东沟、铁链一带，威逼上海县城和松江府城。清军沿江堵御，一时猝不及防，明军旋即退回崇明。
明军在长江沿岸频繁出击，清军往往是顾此失彼。这样的局面，一直持续到了苏松提督张天禄因隐瞒兵败被革职逮京听勘，苏松水师总兵王璟因防范不利而被参奏罢官，清廷调来了浙江宁波副将梁化凤来署理苏松总兵之职，才算是告一段落。
梁化凤，字翀天，陕西长安人。顺治三年武进士。曾从阿济格攻姜镶，因功于顺治八年借补江南芜永营参将，素以能征善战著称。张天禄、王璟已是宿将，但却实在拿明军的优势水师没有太大的办法。可是这梁化凤一旦到任，很快就将立足于此已近两载的明军赶出了崇明，几乎没有费太大的力气。