书执行的”法定程序，内阁仅作为“皇帝秘书处”嵌入。
日常的政务处理，依旧是尚书省、门下省、中书省、皇帝的传统流程。
诸如军国机密则是由内阁直呈皇帝并票拟给出建议，最后转中书门下省补办程序。
首批内阁大学士以敬翔、张瑛、谢瞳、尚仲甫、郑公权、段巍、郭恕等七人为主。
七人中除谢瞳外，其余六人都是关西或陇右出身的学子，基本都有过在地方为官，亦或者从军的经验。
随着内阁建立，庙堂上的格局再次发生变化，虽然内阁并未分走三省太多权力，但也确实让人看出了皇帝改制的想法。
洪武四年七月，宰相刘瞻以其年迈为由致仕，刘继隆特赐其宅邸，赏钱三千贯，并命北衙六军护卫刘瞻返回家乡。
刘瞻去相后，刘继隆将河东的崔恕拔擢为相，以同平章事入南衙。
八月初五，国师悟真奏表朝廷，言其已经率部抵达金城，没卢丹增接受册封为吐蕃王，并在其治下五十六城修建五十六座寺庙，以此表示礼佛之心。
刘继隆得知后，旋即令陇右道及剑南道有司扩修驿道，并设立驿站通往多康治下五十六座城池。
因担心有司民夫不足，故此敕令没卢丹增发其治下百姓迁往修葺驿道，令有司每日发粮三升与当地百姓为工钱。
得知有粮食发出，没卢丹增倒也没有那么多顾虑，他还需要刘继隆扶持他统一吐蕃，因此便发差役十万，协助朝廷扩修驿道。
眼见清理天下僧道的前置条件完成，刘继隆于九月初二宣布废除天下僧道手中度牒，并将新的度牒科考制度与传法僧官制度宣告天下。
相比较对付世家豪强，整治天下僧道根本用不了多大力气。
刘继隆将天下僧道科考的日子定在了每年的佛诞节和玄元节，同时下令清理天下寺庙的耕地，将耕地回收有司衙门，依照遗留僧道发出相应口粮。
若三年内未曾获得度牒，则勒令其还俗。
敕令发出后，天下二十余万众僧道哀怨，亦或者苦读佛经，亦或者提前还俗，还有甚者则是准备去吐蕃闯荡。
纵使有僧道与其信徒不满朝廷作为，却也不敢直接反对朝廷，只能在背后悄悄抱怨。
如此情况下，朝廷将天下诸寺的耕地尽数收归，近六百余万亩僧道耕地的数量令人瞠目结舌。
这么多耕地，便是雇佣佃户都需要最少六十万佃户才能耕种，可以说是三名佃户供养一名僧道。
对于收回朝廷的这些耕地，刘继隆将其直接分给了耕种的佃户，并令有司及都察院巡察，若遇僧人威胁佃户勒还土地之事，即将僧人发配边塞，以屯户身份开荒。
随着有司按照朝廷敕令作为，很快便有不少僧人被发配边塞，其余僧众见状只能紧闭山门，更加刻苦研读佛经，准备在来年佛诞节中