人平等的新国家的主张，令金九为之倾倒，随后就成为东学信徒，连带着他的父亲也入了道他十分热衷于传教，很快就发展了数千名“连臂”（传教时发展的信徒，又称弟子），其影响力甚至扩大到平安道，被信徒们称为“童蒙接主”，此时他的名字也改为“昌洙”
1896年3月9日凌晨3时左右，金九在回程途中的大同江畔鸱河浦（位于安岳郡）的一家旅店吃早饭时，发现了一个短发者形迹可疑，在听他和旁人说话的过程中，发现他虽自称是姓郑的黄海道长渊人，但口音不是黄海道口音，身上还带着刀金九断定他是一个假扮成朝鲜人的日本人，甚至怀疑他是杀害闵妃的三浦梧楼的同党，不禁怒火沸腾，当众将他踢倒在地，并夺起他的刀，向他一阵乱刺，又喝了他的血，还问朝鲜旅客谁是他的同党，众旅馆都跪地求饶，最后他没再杀人然后搜索其身上物件，发现是一个叫土田让亮的日本陆军中尉，让店主人李化甫将他的尸体丢到江里对于土田让亮身上的800两钱，除了用于付船钱的75两外其余都给李化甫，让他救济穷人他还让李化甫写了张“为国母报仇杀此倭人”的布告，并署名“海州白云坊基洞金昌洙”，贴在通衢，随后扬长而去，
由于朝鲜官府效率低下，所以迟迟没有把金九抓捕归案，金九也不听父母之劝，留在家里等着被抓，最终在6月21日束手就擒，押到海州监狱拷问，大约两个月后又移送仁川，由日朝官员会审
金九在受审时慷慨陈词，并向日本人骂道：“所谓万国公法里，哪一条文规定签订通商亲善条约后，可以杀死一个国家的国王或王后？……在我有生之年，誓报此仇，死则变成厉鬼也要杀你们国王，而且非把你们倭寇消灭得干干净净，来洗雪我国的耻辱不可！”
1897年7月下旬，金九以杀人罪被判处绞刑，拟于10月2日执行行刑那一天，死刑名单被送到朝鲜高宗那里最终复核，一名官员告诉高宗，其中的金昌洙（金九）是“为国母报仇”而受到如此审判高宗大为感动，马上命法部致电给仁川方面，通知取消金九的死刑，择日再审行刑的那一天，金九正看着《大学》，平静地等待死期，免死的消息传来时，整个监狱喜气洋洋，狱卒对他的态度也好了不少但金九仍被关在监狱，金周卿等社会热心人士想方设法甚至变卖家产救金九出狱，为此找到法部大臣韩圭卨等朝廷大员说情，但因为事涉日本，故朝鲜政府中没人敢答应在狱友的帮助下，金九弄到了一些钱财，又托父亲在探监时带来铁三棱mldu8· cc1898年3月19日，他向值班狱卒行贿，设宴招待他们，等狱卒都喝得酩酊大醉，